La trama describe la historia del maestro jedi Qui-Gon Jinn y de su aprendiz Obi-Wan Kenobi, que escoltan y protegen a la Reina Amidala desde su planeta Naboo hasta Coruscant con la esperanza de encontrar una salida pacífica a un conflicto comercial interplanetario a gran escala. También trata del joven Anakin Skywalker antes de convertirse en Jedi, presentado como un esclavo con un potencial de la Fuerza inusualmente fuerte, y debe lidiar con el misterioso regreso de los Sith.
La trama se desarrolla diez años después de los sucesos ocurridos en la película anterior, La amenaza fantasma. Después de la Batalla de Naboo, la galaxia se encuentra al borde de una guerra civil. Bajo la dirección de un Jedi renegado que se hace llamar Conde Dooku, muchos sistemas solares amenazan con la secesión de la República Galáctica. Tras los intentos de asesinato de la senadora Padmé Amidala, la anterior reina de Naboo, el Padawan Anakin Skywalker es asignado para protegerla, mientras que a su maestro, Obi-Wan Kenobi, se le asigna la investigación del intento de asesinato.
La trama narra el contexto de las Guerras Clon, donde los Caballeros Jedi, liderando un ejército clon, enfrentan a los Separatistas Galácticos. Tras el secuestro del Canciller Palpatine, el Maestro Jedi Obi-Wan Kenobi y su aprendiz Anakin Skywalker son enviados a rescatarlo y eliminar a los Líderes Separatistas. Palpatine manipula a Anakin, sugiriendo los beneficios del Lado Oscuro, lo que suscita las sospechas de la Orden Jedi. Eventualmente, se revela que Palpatine es el Lord Sith Darth Sidious, poniendo en peligro tanto a la Orden Jedi como a la República Galáctica.